Deux récits se dessinent dans L'ombre de nos nuits, avec au centre un tableau de Georges de La Tour. En 1639, plongé dans les tourments de la guerre de Trente Ans en Lorraine, le peintre crée son Saint Sébastien soigné par Irène. De nos jours, une femme, dont nous ne saurons pas le nom, déambule dans un musée et se trouve saisie par la tendresse et la compassion qui se dégagent de l'attitude d'Irène dans la toile. Elle va alors revivre son histoire avec un homme qu'elle a aimé, jusque dans tous ses errements, et lui adresser enfin les mots qu'elle n'a jamais pu lui dire. Que cherche-t-on qui se dérobe constamment derrière le désir et la passion?