Mia est une fillette d'à peine dix ans. Alertée par un pressentiment, elle décide de quitter son village natal quelque part en Amérique du Sud pour partir à la recherche de son père. Ce dernier travaille sur un chantier gigantesque visant à transformer une forêt tropicale en luxueuse résidence hôtelière. La route est longue pour retrouver son papa. Mia doit franchir une lointaine montagne, entourée d'une forêt énigmatique et peuplée d'êtres mystérieux. Au coeur de ce monde de légende, la fillette découvre un arbre hors du commun et se confronte aux véritables forces de la nature. Même si la forme est enfantine, Mia et le migou n'est pas exclusivement destiné aux enfants. Le fond du film fait référence à des problèmes que les adultes connaissent bien : la cupidité et la destruction de la forêt amazonienne.