Chaque être humain possède un Daemon, sorte de créature représentant notre âme et conscience sous forme animale. Lyra, une jeune orpheline rebelle, vit à Jordan College, un des établissements de l'Université d'Oxford. Lorsque son meilleur ami disparaît, Lyra décide de partir à sa recherche. Sa quête la mènera dans les Royaumes du Nord où elle découvrira un complot impliquant des enlèvements d'enfants et des expériences scientifiques secrètes liées à une mystérieuse particule : la Poussière.