Jim Hawkins, un garçon de 15 ans, vit paisiblement avec sa mère dans une ville portuaire. Un jour, un dénommé Billy Bones lui remet avant de mourir un orbe précieux qui contient une carte. Celle-ci mènerait à un fabuleux trésor de pirates. Jim embarque alors comme mousse à bord du RLS Legacy, un magnifique galion de l'espace. Grâce aux conseils de John Silver, le cyborg cuisinier du navire, le jeune garçon devient un talentueux navigateur. Mais il découvre bientôt que celui-ci est en fait un pirate qui complote une mutinerie...