En 1868, un monstre mystérieux s'acharne sur les bateaux naviguant dans l'océan Pacifique. Alarmé par ce phénomène, le gouvernement américain décide d'envoyer une frégate afin d'élucider les étranges disparitions et éventuellement tuer le monstre... Parmi l'équipage se trouvent un fabuleux harponneur, Ned Land, un homme de science, Aromax, et son assistant. Après plusieurs mois de recherches infructueuses, la frégate est sur le point d'abandonner sa mission lorsqu'elle est attaquée par un puissant vaisseau commandé par le capitaine Némo...