Venise, mai 1313. Alors que les préparatifs pour la fête de l'Ascension vont bon train, les eaux de la lagune charrient jusqu'à la place Saint Marc les cadavres de trois enfants crucifiés. L'horreur est à son comble parmi la population. Afin de calmer les esprits, le Conseil des Dix, organe chargé de veiller à la sécurité de la République de Venise, accuse Eleazar, un vieux Juif, d'avoir perpétré ces meurtres. Son amie Adia, convaincue de son innocence, appelle à la rescousse un amour de jeunesse, Mondino de Liuzzi, chirurgien de Bologne célèbre mais controversé.